Ở mùa giải 2016/17, vị trí của Aguero trong đội hình Man City đã bị đe dọa bởi tân binh Gabriel Jesus và sở thích xoay tua của Pep Guardiola. Chiến lược gia người Tây Ban Nha sử dụng Aguero cẩn thận để bảo vệ thể lực cho cầu thủ này. Nhưng có tin đồn cho rằng Aguero không vui và cũng từng có thời điểm Pep úp mở khả năng Aguero rời CLB.

Tuy nhiên, Aguero vẫn kết thúc mùa giải đó với 33 bàn thắng trên mọi đấu trường và quyết định ở lại. Anh nhận được niềm tin của HLV Pep Guardiola và dần dần trở thành sự lựa chọn số một trên hàng công của Man City. Mùa này, Aguero đã ghi được 10 bàn sau 10 lần ra sân. Với 241 bàn thắng đã ghi được, Aguero đang là chân sút số một trong lịch sử Man City, bỏ xa những người bám đuổi phía sau.