Ở kỳ chuyển nhượng Hè 2016, M.U đã phải bỏ ra tới 26 triệu bảng để thuyết phục Dortmund bán tiền vệ Mkhitaryan. Cập bến Old Trafford, ngôi sao sinh năm 1989 được kỳ vọng rất nhiều. Tuy nhiên, những gì anh trình diễn chỉ đem lại sự thất vọng. Trong 3 vòng đầu tiên, cầu thủ 27 tuổi chỉ được trao cơ hội từ băng ghế dự bị. Ở trận derby thành Manchester mới đây, Mkhitaryan được Mourinho đưa ra sân ngay từ đầu. Những tưởng anh sẽ chơi cố gắng khi được trao cơ hội, nhưng Mkhitaryan tiếp tục khiến NHM Man đỏ ngao ngán.

Xuất phát ở vị trí chạy cánh nhưng những phút có mặt trên sân cầu thủ này không tạo ra một pha bóng nào ra hồn. Anh xử lý bóng quá chậm và rất thiếu ý tưởng trong những tình huống lên bóng. Chứng kiến cầu thủ 27 tuổi chơi thất vọng, Mourinho đã quyết định rút anh ra nghỉ và đưa vào Ander Herrera. Sau trận đấu, vị chiến lược gia người Bồ đã bóng gió sẽ loại bỏ Mkhitaryan. Cụ thể, ông khẳng định chỉ sử dụng những cầu thủ có phong độ tốt ở trận gặp Feyenoord trong khuôn khổ vòng bảng Europa League, và dĩ nhiên là cựu sao Dortmund sẽ không thể góp mặt.