Bước sang hiệp 2, Nhật Bản quyết tâm tìm bàn gỡ khi liên tiếp có 2 sự thay đổi người. Điều này giúp đội bóng tới từ đất nước Mặt trời mọc thi đấu có phần khởi sắc hơn.

Tới phút 49, lần đầu tiên trong trận đấu, thủ môn Bùi Tiến Dũng thật sự phải ra tay sau một cú dứt điểm của cầu thủ Olympic Nhật Bản trong vòng cấm. Ở những phút sau đó, Nhật Bản tiếp tục gia tăng sức ép hòng kiếm bàn gỡ hòa. Tuy nhiên sự tập trung của hàng thủ Việt Nam đã giúp họ có thể đứng vững trước các đợt lên bóng của người Nhật.

Sang nửa cuối hiệp 2, Olympic Việt Nam chủ động chơi chậm với mục đích dưỡng sức rõ ràng cho trận đấu vòng 1/8. Trong khi đó, dù cầm nhiều bóng hơn nhưng Olympic Nhật Bản cũng không quá quyết tâm tấn công bởi nếu có thua thì họ cũng sẽ không gặp nhiều khó khăn ở vòng 1/8 khi đối thủ chỉ là Malaysia (đứng đầu bảng E).

Ở những phút cuối trận, hai đội đều có thêm 1 tình huống ghi bàn nguy hiểm tuy nhiên không bên nào ghi được bàn thắng, qua đó kết thúc trận đấu với tỷ số chung cuộc 1-0.

Với chiến thắng có phần bất ngờ này, Olympic Việt Nam sẽ gặp đội thứ 3 ở bảng B/E/F, trong khi Nhật Bản sẽ chạm trán Malaysia ở vòng 1/8 tới.