Dính chấn thương nặng trong trận đấu với Nam Định FC ở vòng 5 V-League 2018, hậu vệ Ngọc Thịnh được xác định đứt dây chằng chéo trước đầu gối. CLB TP Hồ Chí Minh sau đó đã đưa Ngọc Thịnh sang Singapore phẫu thuật.
 

Tối 30/4 sau khi được các bác sĩ kiểm tra, Ngọc Thịnh đã trở lại TP Hồ Chí Minh. Trong hai tuần đầu, cựu cầu thủ Hải Phòng phải đi nạng cũng như tập phục hồi theo giáo án của các bác sĩ Singapore. Sáu tuần tiếp theo, Ngọc Thịnh sẽ bó nẹp cố định, cùng với đó là các bài tập phục hồi theo giáo án của chuyên gia Nhật Bản mới được Chủ tịch Công Vinh thuê sau khi đội bóng Sài thành có nhiều trường hợp chấn thương.
 

HLV Toshiya Miura cũng đề nghị Ngọc Thịnh trở về đại bản doanh của đội để các chuyên gia trị liệu chăm sóc nhằm tiến độ hồi phục tốt hơn. Sau một tháng, hậu vệ này sẽ trở lại Singapore để tái khám. Nhiều khả năng Ngọc Thịnh không kịp bình phục để dự AFF Cup 2018.
 

Chia sẻ trên Bóng Đá Plus, Ngọc Thịnh cho biết: "Các bác sỹ cho biết, với những chấn thương dạng này thì ít nhất phải 6 -7 tháng tôi mới có thể tập luyện và thi đấu trở lại. Như vậy là gần như tôi không có cơ hội góp mặt tại AFF Cup 2018 nữa rồi. Đây là điều khiến tôi tiếc nhất. AFF Cup là giải đấu tôi luôn mong ước có mặt bởi cách đây 2 năm tôi cũng không thể góp mặt ở AFF Cup cũng do chấn thương".