Ở kỳ chuyển nhượng Hè 2016, trung vệ Phil Jones là một trong những cầu thủ bị đưa vào danh sách thanh lý. Anh chỉ được giữ lại vào những ngày cuối cùng. Trong những vòng đấu đầu tiên, Mourinho sử dụng Bailly và Smalling ở vị trí trung vệ. Jones chỉ có thể được trao cơ hội khi cả hai cầu thủ này dính chấn thương. Đây gần như là cơ hội cuối cùng của cầu thủ sinh năm 1992 ở Old Trafford, bởi nếu chơi không tốt anh hoàn toàn có thể bị đẩy đi ở kỳ chuyển nhượng mùa Đông diễn ra vào tháng 1 tới.

Trong 7 trận mà trung vệ Phil Jones ra sân ở mùa giải này, M.U bất bại với 4 thắng và 3 hòa. Trong trận đấu gần nhất, anh đã khiến trung phong Harry Kane phải câm lặng. Trước đó, cầu thủ người Anh cũng kiềm tỏa sự nguy hiểm của Lukaku bên phía Everton. Chứng kiến phong độ của Jones, HLV Jose Mourinho đã tỏ ra rất hài lòng. Vị chiến lược gia người Bồ Đào Nha rất tin tưởng Jones và sẽ tiếp tục làm điều này trong những trận đấu sắp tới.