3.2. U21 Đan Mạch

Vào ngày 21/2/2013, có thông báo rằng bắt đầu từ ngày 1/6/2013, ông sẽ trở thành huấn luyện viên của đội tuyển bóng đá quốc gia Đan Mạch dưới 21 tuổi, do đó rời Esbjerg fB. Với tư cách là huấn luyện viên của đội dưới 21 tuổi, ông đã tham gia Giải vô địch bóng đá U-21 châu Âu UEFA năm 2015, trong đó đội Đan Mạch đã lọt vào bán kết. Ở đó, họ đã thua đội vô địch cuối cùng là Thụy Điển.

3.3. Midtjylland

Sau Giải vô địch châu Âu, Thorup trở lại câu lạc bộ bóng đá và tiếp quản Midtjylland với tư cách là người kế nhiệm Glen Riddersholm, người đã từ chức sau khi giành chức vô địch giải đấu - danh hiệu đầu tiên của Midtjylland. Sau khi họ bị loại khỏi vòng loại UEFA Champions League bởi câu lạc bộ Síp APOEL, đội đã vượt qua vòng bảng của UEFA Europa League 2015–16 dưới sự lãnh đạo của Thorup. Ở vòng 16 đội, câu lạc bộ đã gây chú ý với chiến thắng 2–1 ở lượt đi trước gã khổng lồ của Premier League là Manchester United, nhưng đã bị loại khỏi giải đấu sau thất bại 5–1 ở lượt về.

3.4. Gent và Genk

Vào ngày 10/10/2018, Thorup được tuyển dụng để kế nhiệm Yves Vanderhaeghe làm huấn luyện viên của câu lạc bộ Bỉ Gent sau trận thua 5-1 trên sân nhà trước Racing Genk khiến Buffalos tụt xuống vị trí thứ bảy trên bảng xếp hạng, kém một bậc so với vòng play-off tranh chức vô địch.

Dưới thời Thorup, Gent đã tập hợp lại để đủ điều kiện tham dự vòng play-off Champions, đứng thứ năm và lọt vào Chung kết Cúp Bỉ, thua 2-1 trước KV Mechelen ở giải hạng hai, đây chỉ là lần thứ hai một câu lạc bộ bên ngoài giải đấu hàng đầu giành được Cúp tại Bỉ.

Kết quả này cũng khiến Gent không có suất tham dự châu Âu, với ba đội đứng đầu giải đấu cùng với đội chiến thắng ở Chung kết Cúp và Chung kết Play-Off châu Âu đủ điều kiện. Nhưng một cuộc điều tra về các sự kiện từ mùa giải trước, nơi Mechelen được xác định đã cố gắng dàn xếp kết quả của trận đấu cuối mùa giải với Waasland-Beveren vào ngày 11/3/2018 để cố gắng ngăn chặn việc xuống hạng của họ. Mechelen được phép giữ Cúp và vị thế mới đảm bảo của họ ở hạng đấu cao nhất, sau khi giành chức vô địch Giải hạng 1B cùng với việc giành Cúp, nhưng bị cấm tham dự châu Âu trong một mùa giải như một phần của vụ bê bối gian lận bóng đá Bỉ 2017–2019, dẫn đến việc tất cả các câu lạc bộ Bỉ đều tăng một bậc về mặt đủ điều kiện tham dự châu Âu, với Gent đứng tiếp theo.

Buffalos đủ điều kiện tham dự UEFA Europa League, bắt đầu từ vòng loại thứ hai gặp câu lạc bộ Romania Viitorul Constanța. Thông qua các vòng loại khác, câu lạc bộ cuối cùng đã lọt vào vòng bảng, nơi họ giành chiến thắng ở Bảng I với ba trận thắng và ba trận hòa. Gent đã tham gia vòng 32, nơi họ bị loại bởi Roma.

Với mười một tuần còn lại trong mùa giải 2019–20, giải đấu đã bị hoãn do đại dịch COVID-19, với Gent đứng thứ hai sau Club Brugge. Không giống như hầu hết các giải đấu lớn khác, Pro League đã quyết định không khởi động lại mùa giải hiện tại, công bố Club là nhà vô địch, với Gent là đội á quân giành suất vào vòng loại thứ ba cho UEFA Champions League 2020–21.

Thorup làm HLV ở Gent vào năm 2020

Sau khi thua hai trận đầu tiên của mùa giải 2020–21 trước Sint-Truiden và Kortrijk, Thorup đột nhiên bị sa thải khỏi vị trí huấn luyện viên vào ngày 20/8/2020. Vào thời điểm Thorup được các đối thủ cùng giải đấu Genk thuê làm huấn luyện viên mới của họ một tháng sau đó vào ngày 24/9, người thay thế trực tiếp của ông tại Gent, László Bölöni, cũng sẽ bị sa thải chỉ sau ba trận đấu thay thế, với Wim De Decker lên nắm quyền, cho đến khi ông bị sa thải vào tháng 11.

Thorup đã nhận được hợp đồng tại Genk cho đến mùa hè năm 2023, nhưng chỉ nắm quyền trong sáu trận trước khi bị cám dỗ quay lại bóng đá Đan Mạch.

3.5. Copenhagen

Vào đầu tháng 11 năm 2020, Thorup nhận được lời đề nghị từ Copenhagen để trở thành huấn luyện viên trưởng mới của họ, sau khi huấn luyện viên cũ Ståle Solbakken bị sa thải vào ngày 10/10. Theo yêu cầu của Thorup, hợp đồng của anh đã bị Genk chấm dứt. Thorup đã ký hợp đồng tại Copenhagen cho đến mùa hè năm 2024.

Trong mùa giải đầu tiên làm huấn luyện viên trưởng của Copenhagen, ông đã dẫn dắt câu lạc bộ giành vị trí thứ ba tại Giải bóng đá vô địch quốc gia Đan Mạch. Điều này có nghĩa là câu lạc bộ đã tham gia mùa giải đầu tiên của UEFA Conference League và Thorup đã dẫn dắt đội của mình vào Vòng 16 đội, nơi họ bị đánh bại bởi PSV Eindhoven.

Mùa giải thứ hai của ông phụ trách Copenhagen kết thúc với việc câu lạc bộ được trao vương miện vô địch Đan Mạch sau khi giành chiến thắng tại Giải bóng đá Superliga Đan Mạch 2021–22.

Giải Superliga Đan Mạch 2022–23 khởi đầu không tốt cho câu lạc bộ, nhưng họ đã xoay xở để đủ điều kiện tham dự UEFA Champions League 2022–23 sau khi đánh bại Trabzonspor với tỷ số chung cuộc 2–1. Tuy nhiên, vào ngày 20/9/2022, Copenhagen thông báo rằng câu lạc bộ đã chia tay Thorup với tư cách là huấn luyện viên trưởng của họ, do khởi đầu kém cỏi của mùa giải Superliga.

3.6. FC Augsburg

Ông được bổ nhiệm làm huấn luyện viên trưởng mới của FC Augsburg vào ngày 15/10/2023.

4. Thống kê sự nghiệp HLV

- Tính đến trận mới đây ngày 22/12/2024

5. Danh hiệu

5.1. Danh hiệu cầu thủ

OB

• 1st Division: 1989
• Danish Cup: 1990–91, 1992–93

5.2. Danh hiệu HLV

Esbjerg fB

• Danish 1st Division: 2011–12
• Danish Cup: 2012–13

Midtjylland

• Danish Superliga: 2017–18

Copenhagen

• Danish Superliga: 2021–22
• The Atlantic Cup: Runner-up (2): 2020, 2022