Từ năm 2003 đến năm 2005, Marcelino phụ trách đội một, đứng thứ năm và thứ mười ở giải hạng hai, sau đó ký hợp đồng với Recreativo de Huelva ở cùng giải đấu, nơi ông đã đưa đội thăng hạng trong mùa giải đầu tiên và một vị trí thoải mái ở giữa bảng xếp hạng ở hạng đấu cao nhất sau đó, giúp ông trở thành người nhận Cúp Miguel Muñoz đầu tiên.

Marcelino từ chức vào cuối mùa giải và tiếp quản câu lạc bộ cũ Santander, dẫn dắt Cantabrians đến vị trí thứ sáu tốt nhất từ trước đến nay, với đủ điều kiện tham dự UEFA Cup. Tuy nhiên, vào ngày 29/5/2008, ông lại chuyển đội, trở lại giải hạng hai và gia nhập Real Zaragoza với mục tiêu thăng hạng, và mục tiêu này cuối cùng đã đạt được; trong quá trình ký hợp đồng, ông đã từ chối Valencia và trở thành huấn luyện viên được trả lương cao nhất đất nước với mức lương 2,4 triệu euro mỗi năm sau khi Bernd Schuster của Real Madrid ra đi.

Marcelino là huấn luyện viên của Racing Santander năm 2008.

Vào ngày 13/12/2009, sau một loạt kết quả kém cỏi (lần gần nhất là trận thua 1-2 trên sân nhà trước Athletic Bilbao ), Marcelino đã bị Zaragoza sa thải, mặc dù đội bóng vùng Aragon vẫn đứng trên khu vực xuống hạng. Vào đầu tháng 2 năm 2011, ông trở lại Racing Santander, thay thế Miguel Ángel Portugal.

Marcelino được bổ nhiệm tại Sevilla cho mùa giải 2011-12. Vào ngày 6/2/2012, sau bảy trận không thắng - trận gần nhất là trận thua 1-2 trên sân nhà trước Villarreal - và với việc đội bóng Andalusia xếp thứ 11, ông đã bị miễn nhiệm.

Marcelino đã ký hợp đồng với Villarreal vào ngày 14/1/2013, đưa đội trở lại hạng đấu cao nhất vào cuối chiến dịch và sau đó đạt được ba lần lọt vào top sáu, bao gồm vị trí thứ tư và một lần vào bán kết tại UEFA Europa League năm 2015-16.

Vào ngày 10/8/2016, vài ngày trước trận đấu chính thức đầu tiên của mùa giải, Marcelino đã bị sa thải vì bất đồng quan điểm với ban giám đốc, đặc biệt là về việc loại Mateo Musacchio khỏi chức đội trưởng câu lạc bộ. Vào ngày 11/5 năm sau, ông được bổ nhiệm làm thuyền trưởng của Valencia cho chiến dịch sắp tới sau khi ký hợp đồng có thời hạn hai năm.

Marcelino đã giành được Copa del Rey trong mùa giải thứ hai của mình tại Sân vận động Mestalla, đánh bại Barcelona với tỷ số 2-1 trong trận chung kết được tổ chức tại Seville. Tuy nhiên, vào ngày 11/9/2019, anh đã bị sa thải.

Marcelino giai đoạn năm 2020.

Vào ngày 4/1/2021, Marcelino được bổ nhiệm làm huấn luyện viên trưởng của Athletic Bilbao theo hợp đồng có thời hạn đến ngày 30/6/2022. Trong ba trận đầu tiên phụ trách, ông đã thua Barcelona ở giải quốc nội và đánh bại đối thủ tương tự và Real Madrid để giành Siêu cúp Tây Ban Nha. Ông cũng ngồi dự bị trong hai trận chung kết Cúp Tây Ban Nha trong hai tuần ( trận đầu tiên đã bị hoãn do đại dịch COVID-19 ), để thua cả hai.

Vào ngày 24/5/2022, Marcelino tuyên bố ông sẽ từ chức vào ngày 30/6. Vào tháng 6 năm 2023, sau một năm không hoạt động, ông đã đồng ý ký hợp đồng với câu lạc bộ Ligue 1 Marseille. Ông đã từ chức vào ngày 20/9, với lý do cá nhân, sau bảy trận đấu tại nhiệm.

Marcelino trở lại Villarreal vào ngày 13/11/2023, ký hợp đồng ba năm; ông là huấn luyện viên thứ ba của họ trong chiến dịch sau Quique Setién và Pacheta, với Miguel Ángel Tena cũng đóng vai trò tạm quyền trong một trận đấu. ngày 7/3 năm sau, khi trở lại Stade Vélodrome, đội của ông đã thua 4-0 ở trận lượt đi vòng 16 đội Europa League.

4. Thống kê sự nghiệp HLV

- Tính tới trận gần nhất ngày 23/12/2024.

5. Danh hiệu

5.1. Danh hiệu cầu thủ

U20 Tây Ban Nha

• Á quân FIFA U-20 World Cup: 1985

5.2. Danh hiệu HLV

Lealtad

• Tercera División: 1997-98

Recreativo

• Segunda División: 2005-06

Valencia

• Copa del Rey: 2018-19

Athletic Bilbao

• Supercopa de España: 2021
• Á quân Copa del Rey: 2019-20, 2020-21

Cá nhân

• Miguel Muñoz Trophy: 2006-07, 2017-18
• Miguel Muñoz Trophy (Segunda División): 2008-09
• La Liga Manager of the Month: September 2013, September 2015, March 2024