Anh thăng tiến qua các cấp độ trẻ và được huấn luyện viên Marcelo Gallardo đôn lên đội một của câu lạc bộ vào ngày 27 tháng 1 năm 2019, trong trận thua 1-3 trên sân nhà trước Patronato ở Primera División, mặc dù vẫn ngồi trên băng ghế dự bị. Anh ra mắt đội một vào ngày 4 tháng 3 năm 2020, thay thế Santiago Sosa ở phút thứ 75 trong trận thua 0-3 trước L.D.U. Quito ở Copa Libertadores. Trong những tuần trước, anh ghi một bàn trong trận thắng 6–1 trước Libertad, trong bốn trận tại Copa Libertadores U-20 2020 ở Paraguay.

2020–21: Cho Defensa y Justicia mượn

Mặc dù được sử dụng không thường xuyên nhưng người quản lý của Fernández đã khuyên anh nên rời câu lạc bộ dưới dạng cho mượn để tiếp tục phát triển. Vào tháng 8, Fernández được cho câu lạc bộ hàng đầu Defensa y Justicia mượn. Anh có trận ra mắt Halcón vào ngày 18 tháng 9 dưới sự dẫn dắt của huấn luyện viên Hernán Crespo trong chiến thắng 3–0 trước Delfín ở Copa Libertadores. Mặc dù ban đầu không được đá chính, nhưng màn trình diễn của anh đã gây ấn tượng với người quản lý của anh và cuối cùng anh đã giành được một suất trong đội, giúp câu lạc bộ giành chức vô địch Copa Sudamericana 2020, bắt đầu trong chiến thắng 3–0 trước đội bóng Argentina Lanús trong trận chung kết, giành danh hiệu đầu tiên trong sự nghiệp.

2021–22: Đột phá ở đội một

Sau khi gây ấn tượng dưới dạng cho mượn, Fernández trở lại River Plate, trong mùa giải theo yêu cầu của huấn luyện viên Marcelo Gallardo, anh trở lại vào ngày 15 tháng 7 năm 2021, trong trận lượt đi vòng 16 đội Copa Libertadores, với tỷ số 1–1 trên sân nhà hòa trước đội bóng Argentina Argentinos Juniors. Anh ngay lập tức được đá chính và vào ngày 14 tháng 8, anh ghi bàn thắng đầu tiên cho câu lạc bộ và kiến tạo trong chiến thắng 2–0 trước Vélez Sarsfield ở Primera División. Vào ngày 20 tháng 12, anh đồng ý gia hạn hợp đồng đến năm 2025. Sau khởi đầu đầy hứa hẹn ở mùa giải 2022, ghi tám bàn và cung cấp sáu pha kiến tạo sau 19 trận, Fernández được vinh danh là cầu thủ hoạt động tích cực nhất ở Argentina, sau đó được một số đội bóng lâu đời ở châu Âu theo dõi.

2.1.2. Benfica

Vào ngày 23 tháng 6 năm 2022, River Plate đã đạt được thỏa thuận với đội Primeira Liga Benfica về việc chuyển nhượng Fernández với mức phí 10 triệu euro cho 75% quyền kinh tế của anh ấy cộng với 8 triệu euro phụ phí, nhưng cầu thủ này vẫn ở lại River Plate cho đến khi kết thúc chiến dịch Copa Libertadores của câu lạc bộ. Sau khi River Plate bị loại khỏi Copa Libertadores ở vòng 16 đội, vào ngày 14 tháng 7, Benfica đã xác nhận thỏa thuận, anh được trao chiếc áo số 13, số áo mà huyền thoại câu lạc bộ Eusébio đã mặc trước đó.

Anh ra mắt câu lạc bộ vào ngày 2 tháng 8, ghi bàn thắng đầu tiên cho câu lạc bộ bằng một cú vô-lê nửa vòng từ ngoài vòng cấm, trong chiến thắng 4–1 trên sân nhà trước Midtjylland ở trận lượt đi của vòng sơ loại thứ ba UEFA Champions League 2022–23. Sau đó, anh ghi bàn trong các trận đấu tiếp theo của Benfica: chiến thắng 4–0 trên sân nhà trước Arouca ở Primeira Liga và chiến thắng 3–1 trước Midtjylland ở trận lượt về vòng sơ loại thứ ba UEFA Champions League. Những màn trình diễn ấn tượng của anh ấy tiếp tục trong suốt tháng và sau chuỗi năm trận thắng liên tiếp và ba trận giữ sạch lưới, anh được vinh danh là Tiền vệ xuất sắc nhất tháng của Primeira Liga, một kỳ tích đã được lặp lại trong tháng 10 và tháng 11. Anh đã được liên hệ với việc chuyển đến Chelsea vào kỳ chuyển nhượng tháng 1 năm 2023, và câu lạc bộ kiên quyết không bán anh với giá thấp hơn điều khoản giải phóng 121 triệu euro.

2.1.3. Chelsea

Chelsea mua Fernández với giá 106,8 triệu bảng sau khi đạt được thỏa thuận cuối cùng giữa hai câu lạc bộ vào ngày 31 tháng 1 năm 2023. Anh ký hợp đồng có thời hạn 8 năm rưỡi, có thời hạn đến năm 2031. Cuộc đàm phán kéo dài hơn 10 giờ và do đồng sở hữu Chelsea Behdad Eghbali dẫn đầu. Vào thời điểm đó, mức phí mà Chelsea phải trả là một hợp đồng chuyển nhượng kỷ lục của Anh. Benfica đã nhận được khoản trả góp ban đầu trị giá 30 triệu bảng, sau đó sẽ là 5 khoản thanh toán tiếp theo.

Anh có trận ra mắt ở Premier League vào ngày 3 tháng 2 trên sân nhà trước Fulham và chơi 90 phút. Vào ngày 11 tháng 2, Enzo đã kiến  tạo cho bàn thắng duy nhất của đội trong trận hòa 1-1 trước West Ham United. Anh ghi bàn thắng đầu tiên cho Chelsea trong chiến thắng 2-1 trước AFC Wimbledon ở vòng hai EFL Cup vào ngày 30 tháng 8 năm 2023. Anh ghi bàn thắng đầu tiên tại Premier League vào ngày 3 tháng 12, bằng cách lập cú đúp trong chiến thắng 3–2 trên sân nhà trước Brighton & Hove Albion.

2.2. Sự nghiệp quốc tế

Vào ngày 24 tháng 7 năm 2019, Fernández được huấn luyện viên Esteban Solari của U18 Argentina chọn để đại diện cho quốc gia của mình tại Giải đấu COTIF 2019 ở Tây Ban Nha. Vào ngày 3 tháng 11 năm 2021, anh được huấn luyện viên đội tuyển quốc gia Argentina Lionel Scaloni triệu tập cho hai trận vòng loại FIFA World Cup 2022 gặp Brazil và Uruguay. Anh ra mắt ĐTQG vào ngày 24 tháng 9 năm 2022, khi vào sân thay người ở phút thứ 64 cho Leandro Paredes trong chiến thắng 3–0 trước Honduras.

Vào ngày 11 tháng 11, anh có tên trong danh sách 26 người của Argentina tham dự FIFA World Cup 2022. Sau khi vào sân thay Guido Rodríguez ở phút 57, vào ngày 26 tháng 11, Fernández ghi bàn thắng quốc tế đầu tiên, khép lại chiến thắng 2–0 ở vòng bảng của Argentina trước Mexico. Khi làm như vậy, anh trở thành cầu thủ trẻ thứ hai (chỉ sau Lionel Messi) ghi bàn thắng ở World Cup cho Argentina khi mới 21 tuổi, 10 tháng và 13 ngày. Vào ngày 3 tháng 12, anh đã đạt được một kỷ lục không quá nổi tiếng, trở thành cầu thủ ghi bàn phản lưới nhà trẻ nhất trong lịch sử Argentina tại FIFA World Cup, ở vòng 16 trận đấu với Australia, khi nỗ lực cản phá cú sút của Craig Goodwin đã đi chệch hướng. Sau khi đánh bại Croatia 3–0 ở trận bán kết, Fernández chơi trận chung kết với Pháp, nơi Argentina vô địch World Cup với tỷ số 4–2 trên chấm phạt đền. Anh được vinh danh là cầu thủ trẻ xuất sắc nhất giải đấu.

Vào tháng 6 năm 2024, Fernández được triệu tập để đại diện cho Argentina tại Copa América 2024. Anh ấy đã chơi trong tất cả các trận đấu của họ ngoại trừ một trận và ghi được hai pha kiến ​​tạo khi họ tiếp tục giành chiến thắng trong giải đấu, đánh bại Colombia 1–0 trong trận chung kết và giành được danh hiệu quốc tế cấp cao thứ hai của mình.

3. Phong cách thi đấu

Là một tiền vệ đa năng, Fernández thường chơi ở vị trí tiền vệ lùi sâu, chịu trách nhiệm điều phối lối chơi, điều chỉnh nhịp độ và thu hồi bóng, đồng thời anh cũng là một tiền vệ tấn công có năng lực. Mặc dù anh ấy thích hoạt động ở trung tâm hơn, nhưng có thể thấy anh ấy chiếm giữ nửa khoảng trống bên trái được hỗ trợ bởi một tiền vệ phòng ngự đối tác, giống như đồng đội cũ ở Benfica, Florentino Luís.

Fernández chơi những đường chuyền ngắn nhanh, chuyền dài chính xác và lốp bóng. Anh ấy rất thiện chiến trong các cuộc tranh chấp ở hàng tiền vệ, bảo vệ khoảng trống và tuyến sau một cách hiệu quả, sở hữu phạm vi chuyền bóng và tầm nhìn tốt. Anh ta có thể rê bóng vào lãnh thổ nguy hiểm hoặc ra khỏi nó. Anh ấy phát triển mạnh trong việc nhận bóng trong không gian chật hẹp và có khả năng chịu áp lực. Anh ấy rất giỏi trong việc phá vỡ hàng phòng ngự bằng những đường chuyền của mình, xử lý bóng cũng như kiểm soát bóng ở hàng tiền vệ. Khi không kiểm soát được bóng, Fernández tìm cách chủ động cản phá các đợt tấn công của đối phương, đoán trước và chặn các đường chuyền.

4. Đời sống cá nhân

Fernández được đặt theo tên của nhà vô địch Copa América ba lần và cựu cầu thủ River Plate Enzo Francescoli, do cha anh là Raúl say mê cầu thủ người Uruguay. Trong một cuộc phỏng vấn, anh nói rằng cầu thủ yêu thích của anh là Lionel Messi.

Fernández đã kết hôn với người đồng hương Argentina Valentina Cervantes, người mà anh ấy có một cô con gái, sinh năm 2020. Vào tháng 10 năm 2023, họ thông báo rằng họ đã chào đứa con thứ hai.

Vào tháng 7 năm 2024, sau chiến thắng tại Copa América của Argentina, một đoạn video cho thấy Fernández và các cầu thủ Argentina khác hô vang những câu hát bị cáo buộc là phân biệt chủng tộc về nguồn gốc của các cầu thủ đội tuyển quốc gia Pháp trên xe buýt của đội đã xuất hiện, dẫn đến sự phẫn nộ và chỉ trích từ Liên đoàn bóng đá Pháp (FFF) và Bộ trưởng thể thao Pháp Amélie Oudéa-Castéra. Một số đồng đội người Pháp của Fernández tại Chelsea đã bỏ theo dõi anh ấy trên Instagram và đăng bài trên Twitter thể hiện sự tức giận của họ, dẫn đến việc Fernández phải xin lỗi thông qua Instagram. FFF đã đệ đơn khiếu nại lên FIFA về những phát biểu này, trong khi Chelsea tuyên bố rằng họ đã "kích động một thủ tục kỷ luật nội bộ". Sau khi đưa ra lời xin lỗi riêng tư tới các đồng đội tại Chelsea và quyên góp cho một tổ chức từ thiện chống phân biệt đối xử, Chelsea tuyên bố rằng họ sẽ không thực hiện bất kỳ hành động kỷ luật nào đối với Fernández.

Ngày 31 tháng 10 năm 2024, Cervantes đã thông báo trên story Instagram của mình rằng cô và Fernandez đã chia tay, với dòng trạng thái (dịch từ tiếng Tây Ban Nha): "Tôi và Enzo đã quyết định giữ khoảng cách với nhau kể từ hôm nay. Nhưng chúng tôi sẽ mãi là gia đình và sẽ luôn ủng hộ nhau trong mọi việc. Bởi vì có hai đứa con cần rất nhiều tình yêu thương từ chúng tôi. Tôi biết Enzo là người như thế nào và anh ấy là một người cha tuyệt vời ra sao, cũng như tấm lòng của anh ấy. Và điều đó là đủ với tôi. Làm ơn đừng cố gắng tạo ra những xung đột ở nơi không có xung đột nào cả."

Nhà báo người Argentina Julieta Argenta đã cung cấp thêm chi tiết về cuộc chia tay, tuyên bố: “Anh ấy nói với cô ấy rằng anh ấy muốn sống cuộc đời của riêng mình. Họ vẫn là gia đình, nhưng anh ấy cảm thấy cần trải nghiệm giai đoạn mà anh ấy đã bỏ qua khi chọn gia đình từ sớm.”

5. Thống kê sự nghiệp

5.1. Sự nghiệp CLB

- Tính đến trận đấu diễn ra ngày 22/12/2024

5.2. Sự nghiệp quốc tế

- Tính đến ngày 19/11/2024

Bàn thắng ghi cho ĐTQG

6. Danh hiệu

6.1. Danh hiệu CLB

Defensa y Justicia

• Copa Sudamericana: 2020
• Recopa Sudamericana: 2021

River Plate

• Argentine Primera División: 2021
• Trofeo de Campeones: 2021

Chelsea

• EFL Cup runner-up: 2023–24

6.2. Danh hiệu ĐTQG

• FIFA World Cup: 2022
• Copa America: 2024

6.3. Danh hiệu cá nhân

• CONMEBOL Copa Sudamericana Squad of the Season: 2020
• Primeira Liga Midfielder of the Month: August 2022, October/November 2022
• FIFA World Cup Young Player Award: 2022