Virgil Van Dijk rời đi vào tháng 1, và Mauricio Pellegrino được thay thế bởi Mark Hughes, người chuyển sang sơ đồ ba hậu vệ vào tháng 4. Anh ấy đã có trận ra mắt Premier League vào ngày 14/4/2018 trong trận đấu với Chelsea và ghi bàn thắng thứ hai cho Southampton trong trận thua 3–2. Bednarek kết thúc mùa giải với năm lần ra sân ở giải đấu và tám lần trên mọi đấu trường.

Mùa giải 2018–19

Ngày 28/8/2018, Bednarek đã có lần ra sân đầu tiên trong mùa giải tại EFL Cup gặp Brighton & Hove Albion, trận đấu kết thúc với chiến thắng 1–0. Vào ngày 22/9/2018, anh đã có lần ra sân đầu tiên tại Premier League trong mùa giải trước Liverpool, trận đấu kết thúc với thất bại 3–0 sau khi vào sân thay Oriol Romeu trong hiệp hai. Vào ngày 3/12/2018, Mark Hughes đã bị Southampton sa thải. Dưới thời Hughes, Bednarek chỉ có hai lần ra sân ở giải đấu cho đến thời điểm này của mùa giải. Sự xuất hiện của Ralph Hasenhüttl đã tạo nên sự thay đổi vận may cho Bednarek, người đã kết thúc mùa giải với 25 lần ra sân ở giải đấu.

Mùa giải 2019–20

Ngày 10/8/2019, anh ấy đã có lần đầu tiên ra sân trong mùa giải ở giải đấu trong trận thua 3–0 trước Burnley. Vào ngày 25/10/2019, Bednarek góp mặt trong trận thua 0–9 của Southampton trước Leicester City. Vào ngày 28/1/2020, anh ấy đã ghi bàn thắng đầu tiên và duy nhất trong mùa giải trong trận thua 3–2 trước Wolves. Sau trận thua 1–0 của Southampton trước Newcastle United vào ngày 7/3/2020, bóng đá Anh đã bị đình chỉ do đại dịch COVID-19. Southampton và Bednarek sẽ không thi đấu lại cho đến ngày 19/6/2020 trước Norwich City, trận đấu kết thúc với chiến thắng 3–0. Anh ấy đã kết thúc mùa giải với 39 lần ra sân trên mọi đấu trường.

Mùa giải 2020–21

Ngày 12/9/2020, Bednarek đã có lần đầu tiên ra sân trong mùa giải ở giải đấu trong trận thua 1–0 trước Crystal Palace. Vào ngày 6/11/2020, anh góp mặt trong chiến thắng 2–0 của Southampton trước Newcastle, giúp Saints vươn lên dẫn đầu giải đấu hàng đầu của Anh lần đầu tiên kể từ năm 1988. Bàn thắng duy nhất của anh trong mùa giải đến trong trận thua 3–2 trước Manchester United vào ngày 29/11/2020. Vào ngày 3/12/2020, Bednarek đã ký một hợp đồng mới có thời hạn bốn năm rưỡi.

Ngày 2/2/2021, Bednarek đã phản lưới nhà, để thủng lưới quả phạt đền và nhận thẻ đỏ sau pha phạm lỗi với Anthony Martial trong trận thua kỷ lục 9–0 của đội anh trước Manchester United sau khi Mike Dean kiểm tra màn hình bên lề sân. Mặc dù vậy, thẻ đỏ vẫn gây tranh cãi và huấn luyện viên Ole Gunnar Solskjær của Manchester United tin rằng Bednarek không nên bị đuổi khỏi sân. Thẻ đỏ được đưa ra sau đó đã bị hủy bỏ sau khi câu lạc bộ kháng cáo. Anh kết thúc mùa giải với 41 lần ra sân trên mọi đấu trường.

Mùa giải 2021–22

Ngày 22/8/2021, anh ấy đã có lần ra sân đầu tiên trong mùa giải trong trận hòa 1–1 với Manchester United sau khi vào sân thay Theo Walcott trong giờ nghỉ giải lao. Ba ngày sau, Bednarek có lần ra sân đầu tiên trong mùa giải trong chiến thắng 8–0 tại EFL Cup trước Newport County, đây là chiến thắng sân khách lớn nhất trong lịch sử của Southampton. Vào ngày 18/9/2021, sau khi không ra sân trong bốn trận mở màn, anh ấy đã có lần ra sân đầu tiên trong mùa giải ở giải đấu trong trận hòa 0–0 với Manchester City. Trong trận đấu đó, hậu vệ Jack Stephens của Southampton đã chơi trọn vẹn mọi phút trong mọi giải đấu cho đến khi anh bị chấn thương đầu gối. Sau chấn thương của Stephens, Bednarek đã trở lại với vai trò là cầu thủ ra sân thường xuyên.

Ngày 1/12/2021, anh ghi bàn thắng đầu tiên của mình tại giải đấu trong trận hòa 2–2 với Leicester City. Vào ngày 26/12/2021, Bednarek ghi bàn thắng thứ hai sau ba trận sau khi anh ghi bàn thắng quyết định trong chiến thắng 2–3 của Southampton trước West Ham. Vào ngày 11/1/2022, anh lại ghi bàn trong chiến thắng 4–1 của Southampton trước Brentford. Vào ngày 16/4/2022, bàn thắng cuối cùng của Bednarek trong mùa giải đến trong chiến thắng 1–0 trước Arsenal, nâng tổng số bàn thắng của anh trong mùa giải lên bốn và anh kết thúc mùa giải với 34 lần ra sân trên mọi đấu trường.

Mùa giải 2022–23: Cho mượn đến Aston Villa

Ngày 6/8/2022, Bednarek có lần ra sân đầu tiên trong mùa giải cho Southampton trong trận thua 4–1 trước Tottenham Hotspur. Vào ngày 1/9/2022, Bednarek gia nhập Aston Villa theo dạng cho mượn trong một mùa giải. Bednarek ra mắt Aston Villa vào ngày 2/10/2022 trong trận hòa 0–0 với Leeds United, thay thế cho Ludwig Augustinsson bị thương trước giờ nghỉ giải lao. Hợp đồng cho mượn kết thúc sớm vào ngày 23/1/2023 khi Bednarek được triệu tập trở lại Southampton sau khi chỉ có bốn lần ra sân trên mọi đấu trường cho Aston Villa. Anh đã có 23 lần ra sân trên mọi đấu trường trong suốt mùa giải cho Southampton, nhưng câu lạc bộ đã xuống hạng EFL Championship.

Mùa giải 2023–24

Anh ấy xuất hiện lần đầu tiên trong mùa giải vào ngày 4/8/2023 trong chiến thắng 1–2 trước Sheffield Wednesday. Vào ngày 12/8/2023, Bednarek ghi bàn thắng đầu tiên trong mùa giải trong trận hòa 4–4 với Norwich City. Sau thẻ vàng thứ năm trong chiến dịch trong chiến thắng 0–1 trước Millwall, anh ấy đã bị treo giò một trận. Anh ấy kết thúc mùa giải với 47 lần ra sân trên mọi đấu trường.

Mùa giải 2024–25

Ngày 13/9/2024, Bednarek đã ký hợp đồng gia hạn ba năm.

3.2. Sự nghiệp thi đấu quốc tế

Ngày 4/9/2017, Bednarek đã có trận ra mắt quốc tế cho Ba Lan trong chiến thắng 3–0 trước Kazakhstan.

Tháng 5 năm 2018, anh được nêu tên trong đội hình sơ bộ gồm 35 người của Ba Lan tham dự World Cup 2018 tại Nga. Vào ngày 28/6/2018, anh ghi bàn thắng đầu tiên cho Ba Lan, bàn thắng duy nhất trong chiến thắng 1–0 trước Nhật Bản.

Tháng 5 năm 2021, Bednarek được đưa vào đội hình Ba Lan tham dự UEFA Euro 2020 bị hoãn. Sau thất bại 3–2 trước Thụy Điển, Ba Lan sau đó đã xếp cuối Bảng E.

Tháng 11 năm 2022, anh được điền tên vào đội tuyển Ba Lan tham dự World Cup 2022 tại Qatar.

Ngày 7/6/2024, Bednarek được huấn luyện viên Michał Probierz chọn tham dự UEFA Euro 2024.

4. Thống kê sự nghiệp thi đấu

4.1. Thống kê sự nghiệp CLB

- Tính đến trận đấu diễn ra ngày 20/12/2024

4.2. Thống kê sự nghiệp ĐTQG

Tính tới trận đấu diễn ra ngày 15/10/2024

4.3. Thống kê bàn thắng cho ĐTQG

5. Danh hiệu của Jan Bednarek

5.1. Danh hiệu CLB

Lech Poznań

• Ekstraklasa: 2014–15

Southampton

• EFL Championship play-offs: 2024

5.2. Danh hiệu cá nhân

• Polish Newcomer of the Year: 2016