Mùa giải 2001-02 chứng kiến chiến thắng danh hiệu đầu tiên của Baraja, nơi các bàn thắng của ông vào cuối chiến dịch đã giúp Valencia giành chức vô địch La Liga đầu tiên sau 31 năm - ông kết thúc với tư cách là cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất của đội tại giải đấu, ghi bảy bàn chỉ sau 17 trận đấu tại giải đấu sau khi bình phục chấn thương đầu gối. Mùa giải 2003-04 là một năm lớn khác, giành được cả chức vô địch quốc gia (với tám bàn thắng tại giải đấu của ông) cũng như Cúp UEFA, đánh bại Marseille 2-0 trong trận chung kết.

Trong mùa giải 2006-07, Baraja chỉ ra sân 14 lần ở giải đấu, khi Valencia kết thúc ở vị trí thứ tư, và tiếp tục liên tục bị làm phiền bởi các vấn đề về thể chất trong những năm tiếp theo. Sau hai mùa giải đáng nể, thường xuyên hợp tác với tiền vệ trung tâm lâu năm David Albelda, ông lại gặp rắc rối lớn vì chấn thương trong chiến dịch 2009-10, chỉ góp mặt trong 18 trận (hai trận hoàn chỉnh).

Baraja khép lại chương của mình tại Sân vận động Mestalla sau một thập kỷ trọn vẹn vào ngày 16/5/2010, nhận được sự tôn vinh trước và sau chiến thắng 1-0 trên sân nhà trước Tenerife và được thay thế bằng một tràng pháo tay hoan nghênh nhiệt liệt ở phút thứ 89. Cầu thủ 35 tuổi này đã tuyên bố giải nghệ ngay sau đó, sau khi đã xuất hiện trong 338 trận đấu hàng đầu trong 15 mùa giải và ghi được 47 bàn thắng.

2.2. Sự nghiệp quốc tế

Baraja ra mắt đội tuyển Tây Ban Nha vào ngày 7/10/2000, trong trận thắng 2-0 trước Israel ở vòng loại World Cup 2002. Do đó, ông được chọn vào vòng chung kết, nơi đội tuyển lọt vào tứ kết trước khi bị đội đồng chủ nhà Hàn Quốc loại trên chấm phạt đền, mặc dù cầu thủ này, giống như năm trước với Valencia, một lần nữa ghi bàn trong nỗ lực của mình; ông ghi bàn bằng đầu trong thời gian thi đấu chính thức, nhưng bàn thắng của ông không được công nhận vì bị cáo buộc kéo và đẩy áo trong vòng cấm địa của Hàn Quốc.

Baraja cũng tham gia giải đấu UEFA Euro 2004 đáng thất vọng, nơi Tây Ban Nha bị loại ở vòng bảng bởi các đội vào chung kết là Bồ Đào Nha và Hy Lạp. Ông ấy đã bị loại khỏi đội hình tham dự World Cup 2006, vì sự hiện diện của ông ấy tại câu lạc bộ cũng bị giảm sút do chấn thương tái phát.

3. Sự nghiệp huấn luyện

3.1. Thời gian đầu

Vào tháng 6 năm 2011, Baraja trở lại đội bóng cũ Atlético Madrid với tư cách là một phần trong đội ngũ nhân viên của huấn luyện viên mới được bổ nhiệm Gregorio Manzano. Vào mùa hè năm 2013, ông trở lại câu lạc bộ chính Valencia, đầu tiên là huấn luyện đội trẻ.

Vào ngày 22/12/2013, Baraja đã tạm thời phụ trách đội dự bị ở Segunda División B, khi Nico Estévez cũng đang làm như vậy cho đội một, và giành chiến thắng 2-1 tại Sant Andreu.

3.2. Giải hạng nhì

Baraja được bổ nhiệm làm huấn luyện viên của Elche, đội bóng mới xuống hạng hai, vào ngày 12/7/2015. Vào ngày 6/6 năm sau, ông đã từ chức sau khi không đồng ý các điều khoản mới.

Vào ngày 8/11/2016, Baraja nắm quyền điều hành tại Rayo Vallecano, đội bóng cùng hạng hai. Sau chỉ ba chiến thắng trong 13 trận đấu, ông đã bị sa thải vào ngày 20/2/2017, khi họ đang hơn một điểm so với vị trí xuống hạng.

Baraja làm HLV của Elche năm 2016

Baraja được bổ nhiệm tại Sporting de Gijón vào ngày 12/12/2017. Vào cuối mùa giải, ông ta bị cấm thi đấu bốn trận và bị phạt 3.005 euro vì ngăn cản Sergi Palencia của Barcelona B thực hiện quả ném biên; điều này bao gồm trận đấu đầu tiên của vòng play-off, trong đó nhà vô địch cuối cùng Valladolid đã loại Asturians với tỷ số 5-2 chung cuộc ở bán kết.

Vào ngày 18/11/2018, Baraja bị sa thải sau khi thua trận derby Asturian trước Real Oviedo, khiến đội bóng tụt xuống vị trí thứ 14 với chuỗi chỉ thắng một trận trong 11 trận. Vào tháng 12 năm sau, ông trở thành huấn luyện viên của Tenerife ở cùng giải đấu, cố gắng tránh xuống hạng, nhưng vẫn rời đi vào ngày 20/7/2020.

Baraja thay thế Víctor Fernández dẫn dắt Real Zaragoza vào ngày 20/8/2020. Ông đã bị miễn nhiệm vào ngày 9/11, sau một khởi đầu mùa giải tệ hại.

3.3. Valencia

Vào ngày 14/2/2023, Baraja trở lại câu lạc bộ cũ Valencia với tư cách là huấn luyện viên trưởng, tiếp quản một đội bóng đã tụt hạng từ vị trí thứ 14 xuống thứ 18 kể từ khi Gennaro Gattuso bị sa thải; đồng đội lâu năm Carlos Marchena là một phần trong nhóm huấn luyện của ông. Trận đấu đầu tiên của ông ở giải đấu hàng đầu với tư cách là huấn luyện viên diễn ra sáu ngày sau đó, trong trận thua 1-0 trước Getafe, và trận hòa 1-1 trước Real Betis đã đảm bảo sự trụ hạng với cách biệt hai điểm vào ngày cuối cùng. Sau đó, ông đã gia hạn hợp đồng thêm hai năm nữa.

4. Thống kê sự nghiệp cầu thủ

4.1. Thống kê sự nghiệp CLB

4.2. Thống kê sự nghiệp quốc tế

4.3. Bàn thắng quốc tế

5. Thống kê sự nghiệp huấn luyện

- Tính đến trận đấu mới đây ngày 19/12/2024

6. Danh hiệu cầu thủ

Valencia

• La Liga: 2001-02, 2003-04
• Copa del Rey: 2007-08
• UEFA Cup: 2003-04
• UEFA Super Cup: 2004

Cá nhân

• ESM Team of the Year: 2001-02
• UEFA Super Cup Man of the Match: 2004