Ngoại trừ việc giúp Inter đi đến trận chung kết Coppa Italia năm 2000, một trận mà họ đã thua, thì Seedorf không có những cống hiến đặc biệt cho đội. Nhưng, cái tên anh sẽ được nhớ tới bởi nhiều người hâm mộ Inter vì hai bàn thắng trong trận hòa Juve 2-2 hôm 9 tháng 3 năm 2002, cả hai bàn đều từ những pha nỗ lực cá nhân.

Sau 2 năm với Inter Milan, Seedorf chuyển đến câu lạc bộ cùng thành phố A.C. Milan vào năm 2002. Anh đoạt chiếc Coppa Italia với Milan vào năm 2003, đây là lần đầu tiên đội bóng đoạt cúp này sau 26 năm chờ đợi. Mùa bóng tiếp theo, Seedorf lần thứ 3 trở thành nhà vô địch châu Âu trong màu áo thứ 3, sau một trận chung kết toàn Ý tại Champions League mà Milan đã hòa Juve 0-0 rồi đả bại họ trong loạt sút luân lưu 11m. Sau sự kiện này, Seedorf trở thành người đầu tiên (và duy nhất cho đến nay) đoạt 3 chức vô địch châu Âu trong 3 màu áo. Mùa giải sau (2003-2004), Seedorf cùng AC Milan vô địch Serie A. Đây cũng là lần thứ 4 Seedorf đoạt chức vô địch quốc gia trong sự nghiệp, sau hai lần tại Hà Lan với Ajax và một lần tại Tây Ban Nha với Real Madrid.

Năm 2006, AC Milan với những nhân tố chính là Seedorf, Andrea Pirlo, Kaká và Gennaro Gattuso đã một lần nữa thất bại tại vòng chung kết Champions League khi đã để thua Barcelona - đội mà sau đó đã lên ngôi vô địch - tại trận bán kết. Trong năm này, một vụ điều tra về gian lận tại Serie A đã diễn ra và Milan là đội bóng bị dính líu nhiều, nhưng họ vẫn được đồng ý cho đá tiếp tại giải vô địch châu Âu mùa bóng sau. Điều này làm cho các cầu thủ chủ chốt vẫn ở lại đội bóng. Tại UEFA Champions League 2006-07, Seedorf đã thể hiện một phong độ tốt. Anh cùng với Kaká trên hàng công đã tạo nên sức mạnh cho Milan. Seedorf đã có công lớn giúp đội bóng vượt qua Bayern Munchen và Manchester United để tiến tới trận chung kết tại Athens, nơi mà họ đã đánh bại Liverpool với tỉ số 2-1 để đoạt chức vô địch. Đây là lần thứ 4 vô địch châu Âu trong sự nghiệp của Seedorf. Tại lễ trao thưởng của Champions League, anh được trao giải tiền vệ xuất sắc nhất. Milan tiếp tục giành chiến thắng tại FIFA Club World Cup mà Seedorf là người góp công lớn.

Clarence Seedorf cùng đội tuyển quốc gia