Với chức vô địch châu Âu mùa bóng 2002-2003 cùng Milan, Shevchenko cũng là cầu thủ người Ukraina đầu tiên vô địch giải này. Anh ghi tổng cộng 5 bàn thắng sau 24 trận của giải, và là người sút thành công quả Penalty vào lưới Juventus F.C. trong trận chung kết. Anh đoạt danh hiệu vua phá lưới lần thứ 2 trong sự nghiệp khi ghi nhiều bàn nhất tại Serie A mùa bóng 2003-04, với 24 bàn sau 32 trận đấu, giúp Milan đoạt Scudetto lần đầu tiên sau 4 năm. Shevchenko kết thúc 1 mùa giải thành công với phần thưởng Quả bóng vàng châu Âu 2004, trở thành cầu thủ người Ukraina thứ 3 trong lịch sử đoạt giải này (trước đó là Oleg Blokhin và Igor Belanov).