Sự tiến bộ vượt bậc đã giúp anh có trận đấu ra mắt vào ngày 18 tháng 8 năm 1998 ở trận Siêu cúp Tây Ban Nha, trận này anh ghi bàn vào lưới RCD Mallorca/ Anh nhanh chóng trở thành thành viên quan trọng trong đội hình của Louis van Gaal vô địch La Liga. Xavi được coi là truyền nhân của Josep Guardiola trong phòng thay đồ của Barca và sau khi Guardiola rời đội bóng, Xavi trở thành tiền vệ kiến thiết của đội bóng. Kể từ mùa giải 2004-05, anh đã trở thành đội phó đội bóng. Ở mùa giải 2005-06, Xavi dính chấn thương đầu gối trái khi tập luyện, anh đã phải ngồi ngoài trong 5 tháng, bỏ lỡ phần lớn mùa giải, nhưng trở lại vào tháng 4 và ngồi dự bị trong trận chung kết cúp C1 2006.

Mùa giải 2008-09 là mùa giải thành công nhất của Xavi với màn trình diễn cùng những danh hiệu. Anh là thành viên chính trong cú ăn ba của Barcelona, thi đấu xuất sắc trong cả 3 giải đấu: Anh ghi bàn thứ 4 trong trận thắng 4-1 ở chung kết Copa del Rey gặp Athletic Bilbao. Ở La Liga, anh có rất nhiều màn trình diễn xuất sắc, nhưng có lẽ đáng chú ý nhất là trong trận thắng 6-2 ở trận El Clasico trước Real Madrid vào ngày 2 tháng 5. Anh kiến tạo 4 trong 6 bàn (một cho Carles Puyol, một cho Thierry Henry và 2 cho Lionel Messi), và màn trình diễn trong chiến thắng này đã đưa Barcelona tới ngôi vô địch. Cuối cùng, Xavi giúp Barcelona vô địch cúp C1 năm 2009 sau khi đánh bại Manchester United với tỉ số 2-0, kiến tạo bàn thứ 2 cho Leo Messi đánh đầu ở phút 69 và cũng suýt có được bàn thắng sau cú đá phạt dội cột dọc. Xavi được bầu là "tiền vệ xuất sắc nhất cúp C1" cho những đóng góp của anh cho thành công của Barcelona ở mùa giải 2008-09. Xavi là người kiến tạo nhiều nhất La Liga với 20 lần kiến tạo. Anh cũng là người kiến tạo nhiều nhất cúp C1 với 7 lần.


Mùa giải 2010 - 2011 là một mùa giải rất thành công nữa của Xavi khi anh cùng với Barcelona đoạt cú đúp với chức vô địch La Liga và Champions League. Ở La Liga, anh là người ghi bàn mở tỷ số cho Barcelona trong chiến thắng hủy diệt 5 - 0 trước Real Madrid trong trận El Classico vào ngày 29/11/2010 cùng nhiều bàn thắng trong các trận đấu khác. Tại Champions League, Xavi có bàn thắng quan trọng nâng tỷ số lên 2 - 1 trong trận đấu vòng 16 đội trước Arsenal. Trong trận chung kết CL 2011 gặp Manchester United, Xavi là người có đường chuyền quyết định cho Pedro ghi bàn mở tỷ số ở phút 27 và cho Messi nâng tỷ số lên 2 - 1 ở phút 54. Sau khi đoạt chức vô địch Champions League 2010 - 2011, Xavi cùng với Barcelona giành thêm danh hiệu Siêu cúp Tây Ban Nha 2010 - 2011 sau khi đánh bại Real Madrid với tổng tỷ số 5 - 4 sau 2 lượt trận và danh hiệu Siêu cúp Châu Âu 2010 - 2011.

Xavi vượt qua Carles Rexach trong danh sách các cầu thủ ra sân nhiều nhất cho Barcelona anh có lần ra sân thứ 452 ở mùa giải thứ 11 chơi cho đội bóng vào ngày 14 tháng 2 năm 2009. Vào ngày 2 tháng 1 năm 2011, Xavi đã vượt qua Migueli về số lần khoác áo Barcelona với 549 lần để trở thành cầu thủ ra sân nhiều nhất trong màu áo Barcelona. Anh cũng là cầu thủ kiến tạo nhiều nhất La Liga. Vào ngày 11/12/2011, trong chiến thắng vang dội 3- 1 tại sân Santiago Bernabeu trước đại kình địch Real Madrid, Xavi trở thành cầu thủ Barcelona đầu tiên vượt qua cột mốc 600 trận thi đấu cho câu lạc bộ.